Es el departamento pedagógico institucional, encargado de velar por el cumplimiento de las disposiciones ministeriales e institucionales relacionadas con el aspecto académico de los niños y jóvenes de la UEFLI. A la par de la gestión académica, vicerrectorado apoya al fortalecimiento de la identidad franciscana, promoviendo espacios que evidencien la vivencia de la humildad, sencillez, alegría y fraternidad entre la Comunidad Educativa Franciscana. Entre las funciones de este departamento está: el de asesorar y supervisar la labor pedagógica del docente franciscano y que sus acciones respondan a las necesidades de nuestros estudiantes. Asegurar el cumplimiento de los estándares de calidad educativa dentro de las actividades institucionales relacionadas al campo pedagógico y otras funciones que delegue la máxima autoridad.